锦鲤现已有多个品种。大概分为13类：
一、红白锦鲤锦鲤体表底色为银白色，镶嵌有变幻的红色斑纹，在日本被认为是锦鲤的正宗。体表底色银白如雪，上镶嵌有变幻多端的红色斑纹，在清澈透明的水中遨游，可谓鲜艳绝伦。红白色花纹象征日本国旗的颜色，故最与日本人意含融合，备受日本人民喜爱。红白锦鲤是年由兰木五助所培育（兰木是地名，五助是店名）。它是以全身有红点斑纹的雄性“樱斑”鱼与头顶有红斑纹的雌鱼交配而成。根据红色斑纹的数量，生长和形状和部位又分为：
1、二段红白锦鲤：在洁白的鱼体上，生有两段绯红色的斑纹，似红色的晚霞，鲜艳夺目。
2、三段红白锦鲤：鱼体背部生有3段配上赤色的斑纹。
3、四段红白锦鲤：银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
4、一条红锦鲤：在雄健的鱼体上，从头部至发声柄形成一优美的红色条带。
5、闪电纹红白锦鲤：鱼体上从头至发声有一红色斑纹，此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，妙不可言，因此而得名。
6、富士红白锦鲤：红白锦鲤的头上有银白色粒状斑点，恰似富士山顶的积雪。但是此斑点只出现在1龄或2龄鱼体上，长大后有时会消失。
7、拿破仑红白锦鲤：鱼体腹部两侧的斑纹酷似法国统治者拿破仑佩载的帽子。
8、御殿樱锦鲤：小粒红斑聚集成葡萄状的花纹，均匀地分布在鱼体背部两侧。
9、金樱红白：在御殿樱中，赤色鳞片的鳞有金色覆鳞者。
二、大正三色锦鲤锦鲤鱼体底色雪白，又浮现出绯红、乌黑两色斑纹。
1、口红三色：嘴吻上有小红斑的大正三色。
2、赤三色：自头、背一直到尾结有连续红斑纹的大正三色，视觉上给人一种强烈的感觉，但品位不高。
3、德国三色：德国鲤的大正三色称之，特征是全身无鳞片，光滑。
另有衣三色归类于衣，鹿子三色及三色秋翠归类于变种鲤，大各锦归类于花纹皮光鲤，金银鳞三色及丹顶三色分别归类于金银鳞与丹顶类。
三、昭和三色锦鲤
鱼体以黑色为底色，上有红、白花纹。
1、淡黑昭和锦鲤：黑色部分的所有的鳞片呈浅黑色，端庄幽雅。
2、绯昭和锦鲤：黑色底纹上从头部至尾部，有大面积的红色斑纹。
3、近代昭和锦鲤：鱼体仍由黑、红、白三色组成，且白色占了主流，色彩鲜明。
4、德国昭和锦鲤：以镜鲤与日本昭和的杂交，特征是全身无鳞片，光滑。
大正三色、昭和三色具体区别有：
大正三色是白底上有红斑、黑斑，昭和三色则是黑底上有红斑、白斑。
1.大正三色锦鲤头部无黑斑；昭和三色锦鲤头部有黑斑。
2.大正三色锦鲤的黑斑呈圆形块状而存在于鱼体侧上部；昭和三色锦鲤的黑斑呈连续纹状或带状，席卷至腹部甚至全身。
3.大正三色锦鲤的胸鳍为白色或有黑条纹；昭和三色锦鲤胸鳍基部有圆形黑斑，即称为圆黑。
对两者鱼苗阶段有认识的人就能清楚地了解到，它们的墨斑存在着本质的不同，因此只要看墨斑的质地即可辨明。
锦鲤品种中的红白、大正三色、昭和三色又是最初培育出来的，所以是锦鲤中的代表，被称为“御三家”锦鲤。
有句关于锦鲤的话是“始于红白，终于红白”，也就是锦鲤最开始就是红白先培育出来的日本新泻县的人惊觉鱼身上出现有红白相间的花纹，并且很漂亮，就开始不断的研究改良，然后就是对锦鲤血统的研究和命名。
玩家初涉锦鲤一般以养红白开始，之后也许会涉及其他品种，如秋翠、黄金、皮光鲤、写鲤等，但随着对锦鲤了解的加深，最后仍养回红白。红白有着过人的迷人之处，红白相称的颜色，白的像雪，红的似火，红白相映，简洁优雅，受到众多锦鲤爱好者的喜爱及追捧。
“御三家”锦鲤，不仅仅是因为他们最先培育研究出来，更是因为他们的体色鲜艳、浓重，吸引眼球，大多数饲养者在锦鲤养殖过程中大多都会选择御三家锦鲤。
而除了御三家锦鲤以外，还有大四家一说。大四家中又加入白写，合起红白、大正三色、昭和三色被称为大四家，大四家也是大多数饲养者挑选的锦鲤品种。更甚是有些饲养者觉得白写比御三家更有魅力。
四、写鲤鱼体以黑色为底色，上面有三角形的或白或红或黄的斑纹。1、白写锦鲤：其三角形斑纹呈白色。此鱼黑白分明。
2、黄写锦鲤：其黄斑纹金黄而有光泽。
3、绯写锦鲤：其三角形斑纹呈橙红色，胸鳍也有红色斑纹。
五、别光锦鲤在白、红、黄的不同底色上，呈现黑斑纹。1、白别光锦鲤：大正三色去掉红斑就是白别光，也就是白底上有黑斑的锦鲤。鱼体的底色洁白，其上的黑斑纯黑，色浓，分布于躯干部和尾柄部，黑白相同，色彩极为明快清秀。
2、赤别光锦鲤：鱼体底色为红色，背部有黑斑纹的，称为「赤别光」。
3、黄别光锦鲤：在黄色的鱼体上，点缀着漆黑如墨的黑斑，称之为黄别光。
六、浅黄锦鲤背部呈深蓝色或淡蓝色，而鳞片的外缘呈白色，左或颊颚、腹部和各鳍基部呈红色。1、水浅黄锦鲤：这是浅黄锦鲤中体色最浅的一种。
2、绀青浅黄锦鲤：鱼体呈鲜艳的深蓝色，是知名品种之一。
3、鸣海浅黄锦鲤：是浅黄锦鲤中最有代表性的品种。其鳞片中央呈深蓝色，而鳞片的边缘却呈浅蓝色，两色相映，如同湖面的波光漪涟，动人心弦。
4、秋翠锦鲤：该品种为杂交品系，在鱼背上有一条紧密排列的鱼鳞，一直到鱼体尾部，腹部的侧线上也有一排鱼鳞，其他部位没有鱼鳞。背上的钴蓝色和下腹部的红色花纹相映成趣，属浅黄锦鲤的珍品。秋翠锦鲤的变种名叫“绯秋翠”，其背部分别有各种绯红的花纹，价值更高。
七、衣锦鲤是浅黄锦鲤和红白锦鲤或三色锦鲤杂交的后代。1、蓝衣锦鲤：是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。在红色斑纹上略带色，而红斑上的鳞片后缘又有半月形的蓝色网状花纹。是锦鲤中受欢迎的品种之一。
2、墨衣锦鲤：在红白锦鲤的红斑上再浮现出黑色的斑纹。
4、葡萄三色：葡萄色的鳞片聚集而成为葡萄状斑纹者称之。
5、衣三色锦鲤：是蓝衣锦鲤与大正三色锦鲤交配所产唾的品种。在大正三色锦鲤的红色斑纹上显露出蓝色斑纹。
6、衣昭和锦鲤：是蓝衣锦鲤与昭和三色锦鲤交配所产生的品种。在昭和三色锦鲤的红斑上出现蓝色斑纹。
八、黄金锦鲤鱼体全身为金黄色。1、山吹黄金锦鲤：鱼体呈纯黄金色，鱼鳞排列整齐，亮晶晶的，发出金黄般的光芒。
2、桔黄金锦鲤：鱼体为纯桔黄色。
3、灰黄金锦鲤：鱼体银灰色，无鳞。
4、白金锦鲤：鱼体呈银白色。
九、光写锦鲤写鲤与黄金鲤杂交而成的后代。1、金昭和锦鲤是昭和三色锦鲤与黄金锦鲤交配而得的品种。相似的还有银昭和锦鲤，其鱼体呈白金色。2、金黄写锦鲤是黄写锦鲤或绯写锦鲤与黄金锦鲤交配而成得的品种。
十、花纹皮光鲤无鳞鲤形成两色以上花纹。1、菊水锦鲤在全身白金色的底色上，浮现出黄色斑纹，尤其是头部和背部的银白色特别醒目。
2、锦水锦鲤在淡蓝色的鱼体上，显露出较多的红色斑纹。
十一、金银鳞锦鲤
通过不断杂交，鱼体全身有金色或银色鳞片，闪闪发光。1、金银鳞红白：红白的白底有银色发亮的称为「银鳞」，如果发亮的鳞片在红斑纹内则呈金色称为「金鳞」，金银鳞细致地聚集于背部者较美观。
2、金银鳞大正三色：有金银鳞的大正三色称之。过去鱼身有银鳞存在时，红斑、黑斑等边缘都有不满晰的现象，但是改良之後，最近可以发现有红斑、黑斑都清晰的佳品。
3、金银鳞昭和三色：有金银鳞的昭和三色，是比较新的品种。金银鳞与黑斑相配，像宝石般漂亮非凡。
4、金银鳞别光：有金银鳞的别光。
5、金银鳞皮光鲤：最近创出有金银鳞的皮光鲤。白金或山吹黄金加上银鳞、金鳞，成为非常华丽的锦鲤。
十二、丹顶锦鲤头部具有一块鲜艳圆形红斑，酷似丹顶鹤头顶上的红冠。
1、丹顶红白锦鲤：全身银白，仅头顶有一块鲜艳的圆形红斑，浓妆素裹，堪称一绝。
2、丹顶三色锦鲤：全身洁白，其上略有乌斑，头顶有一块鲜艳的圆形红斑，集素雅、艳丽于一体。
3、丹顶昭和锦鲤：身躯为昭和三色锦鲤斑纹，唯有头顶生有一块红色斑。
十三、变种鲤除以上12种外，其他品种归属此类
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